SMK Negeri 3 Manado awalnya adalah Sekolah Kesejahteraan Keluarga Atas (SKKA) filial Tondano di Manado dibuka tanggal 1 Januari 1967 status swasta, dengan Jurusan Boga dan Busana, bertempat di gedung PIKAT Manado.
Pada tanggal 1 Januari 1977 SKKA berubah nama menjadi SMKK dengan SK Mentri P&K RI Tanggal 9 Desember 1976 No. 0290/0/1976.
SMKK Negeri Manado diresmikan berdiri sendiri sesuai SK Mendikbud R.I. No. 0298/0/1978, tanggal 13 September 1978,
Tahun 1988 SMKK membuka Program Keahlian Tata Kecantikan ,
Tahun 1992 membuka Prog. Keahlian Akomodasi Perhotelan.
Tahun 1992 atas bantuan dana ADB di bangun gedung sekarang ini.
Tahun 1995 berubah nama menjadi SMK Negeri 3 Manado sampai sekarang,
Tahun 2003 membuka satu Program Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan,
Tahun 2005 SMK Negeri 3 Manado ditetapkan menjadi sekolah nasional.
Tahun 2006 ditetapkan untuk menjadi sekolah nasional bertaraf internasional / RSBI untuk program keahlian Akomodasi Perhotelan.
Tahun 2007 Sekolah RSBI untuk semua Program Keahlian
Tahun 2007 SMK Negeri 3 Manado telah menerapkan sistem Manajemen Mutu Standar ISO 9001:2000, ISO 9001:2008 pada tahun 2010
Tahun 2010 membuka satu Program Keahlian Rekayasa Perangkat Lunak (RPL).
Tahun 2015 Ditetapkan Sebagai SMK Rujukan.
Tahun 2017 membuka satu Program Keahlian Usaha Perjalanan Wisata (UPW).
Tahun 2017 ditetapkan sebagai salah satu sekolah LSP-P1 bidang pariwisata.
Tahun 2018 mendapatkan Akreditasi B
Tahun 2021 menjadi SMK PK Angkatan Pertama
Tahun 2023 mendapatkan Akreditasi A dengan nilai 91